Народу, уставшему от разорительных войн, не нравились эти военные походы.
Влиятельная в стране партия фарисеев не уважала Янная ни как царя, ни как первосвященника, так как он был другом аристократов – цадукеев. Один случай обострил отношения между Яннаем и фарисеями. В праздник Сукот царь-первосвященник совершал богослужение в иерусалимском храме. Ему подали воду в серебряной чаше для возлияния на жертвенник, согласно принятому фарисеями народному обычаю, но царь в угоду цадукеям, не признававшим этого обычая, вылил воду на землю. Собравшаяся в храме толпа, возмущенная этим поступком, стала бросать в царя лимонами из праздничного букета (этрог). Царь приказал своим наемным солдатам-язычникам усмирить народ. 6000 иудеев было убито во дворе храма.
После этого народ еще более возненавидел Янная. И когда вскоре царь вернулся из нового неудачного похода против арабов, в Иерусалиме вспыхнуло восстание. Шесть лет (94-88 гг.) длилась борьба народа со своим царем.
Александр сражался с восставшими при помощи наемных войск, не останавливаясь ни пред какими жестокостями. Во время этой шестилетней гражданской войны погибло около пятидесяти тысяч иудеев. Когда царь наконец устал бороться с собственным народом и предложил фарисеям примирение, те резко ответили:
"Только смерть твоя может примирить нас с тобою". В своем ожесточении враги царя дошли до того, что призвали против него в Иудею сирийцев и с их помощью одержали победу. Яннай должен был бежать и скитаться в горах. Но вскоре царю удалось завоевать одну крепость, где заперлись многие фарисеи, и он жестоко отомстил им. 800 фарисеев были по его приказу распяты на крестах. Другие бежали в Сирию и Египет. Народ прозвал Янная "Фракийцем", то есть дикарем.
Почувствовав приближение смерти, Яннай раскаялся в своих жестокостях. Он передал управление государством царице Соломее Александре и посоветовал ей помириться с фарисеями. "Не бойся, – сказал он ей, – ни фарисеев, ни цадукеев; бойся только крашеных (лицемеров), которые делают все дурное и выдают себя за праведников". Александр Яннай умер на 27-м году своего царствования (76 г.), оставив вдову и двух сыновей.
Управление государством взяла в свои руки царица Соломея Александра. Своему старшему сыну, слабому и простодушному Гиркану, она передала сан первосвященника, но младшего сына, честолюбивого и пылкого Аристовула, она держала вдали от государственных дел. Соломея Александра управляла народом разумно и старалась исправить зло, причиненное государству предшествовавшим бурным царствованием. Во время ее десятилетнего управления (76-67 гг.), Иудея почти не подвергалась нападению врагов.
Царица снова призвала фарисеев к власти; те из них, которые при Александре Яннае бежали в чужие страны, возвратились в свое отечество. В числе возвратившихся находились вожди фарисеев: брат царицы Симон бен-Шетах и ученый Иуда бен-Табай. Оба они жили в изгнании во время жестокостей Янная. Симон скитался по разным странам, а Иуда скрывался в Египте. После смерти мужа царица призвала обратно в Иерусалим своего брата Симона, а последний вызвал из Египта своего друга, Иуду. Симон и Иуда сделались председателями Синедриона, и при них фарисеи снова получили влияние на ход государственных дел. Больше всего заботились они об упрочении законности и порядка в стране. О Симоне бен-Шетахе говорили, что "он восстановил Закон в его древних пределах". Он обязал родителей обучать своих детей в школах. Заботясь о правах женщин, Симон издал закон, по которому муж при вступлении в брак дает письменное обязательство – выделить жене часть своего имущества, на случай если он оставит ее вдовой или разведется с ней ("кетуба"). Введенные цадукеями в прежнее царствование суровые уголовные законы были заменены более мягкими.
Вообще, цадукеи были удалены от власти законодательной и судебной, сохранив за собою только должности высших начальников в армии.
Но партии цадукеев покровительствовал второй сын царицы, Аристовул. Когда царица заболела, честолюбивый Аристовул тайно покинул Иерусалим, чтобы с помощью цадукейских военачальников захватить верховную власть. На его сторону перешли многие военные отряды и укрепленные города, где начальствовали цадукеи. И вот когда умерла царица Соломея Александра, в Иудее возгорелась кровопролитная борьба за престол.
После смерти Соломеи царем должен был сделаться старший сын ее, первосвященник Гиркан II. Но не успел еще Гиркан вступить во власть, как брат его Аристовул двинулся с войском к Иерусалиму, чтобы силой отнять у него престол. Гиркан выслал против брата войско. У Нерихона встретились войска обоих братьев и произошла битва, в которой армия Гиркана потерпела поражение, так как значительная часть ее, увлеченная храбростью Аристовула, перешла к последнему (67 г.). Испуганный Гиркан заперся в крепости при иерусалимском храме. Он признал себя побежденным, когда Аристовул вступил в столицу. Братья заключили между собою мирный договор, по которому Гиркан отказался от царского звания, сохранив за собой (по-видимому) только сан первосвященника; Аристовул же объявлен был царем Иудеи, под именем Аристовула II. Оба брата, в присутствии народа, подали друг другу руки и обнялись. Отречение от престола не было, впрочем, особенно тяжело для Гиркана, ибо он по природе любил тихую жизнь и был мало способен к управлению государством.
Недолго, однако, мог Аристовул II спокойно царствовать в Иудее. Скоро междоусобица возобновилась благодаря проискам одного человека. То был Антипатр, потомок тех эдомитов, которых Иоханан Гиркан некогда покорил и обратил в иудейство. Антипатр, бывший начальник войск в подвластной Иудее Эдомской провинции, подружился с Гирканом II, когда тот был еще царевичем.
Честолюбивый эдомит надеялся что слабохарактерный Гиркан, сделавшись царем, назначит его своим ближайшим советником. Когда же власть перешла к Аристовулу, эта надежда рушилась Антипатр не мог мириться с этим. Он употреблял все старания, чтобы снова пробудить в душе Гиркана ненависть к брату, отнявшему у него престол. Он уверял Гиркана, что Аристовул хочет его убить, и наконец уговорил его бежать в Аравию, к царю Арету чтобы с помощью арабов возвратить себе царскую впасть. За эту помощь Антипатр обещал отдать Арету 12 городов в Иудее. Тогда аравийский царь двинулся вместе с Гирканом к Иерусалиму, во главе 50-тысячного войска (65 г.).
После неудачной попытки отразить арабов Аристовул и его сторонники укрепились на Храмовой горе, в Иерусалиме. Арет ворвался в столицу и осадил Хра мовую гору. К нему присоединилось много иудеев, сторонников Гиркана, так что иудеи держали в осаде своих же братьев. В лагере осаждавших был один святой человек, по имени Хоний. Гирканисты требовали от Хония, чтобы он молил Бога о гибели Аристовула и его приверженцев. Но святой муж, горячо любивший свой народ, стал на молитву и воскликнул: "О, Боже! и осажденные, и осаждающие – дети Твои: не делай же того, что желают друг другу обе стороны!". Грубые воины рассердились на Хония и побили его камнями. Между тем наступил праздник Пасхи, и осажденные, у которых не хватило животных для жертвоприношения в храме, вынуждены были покупать их за большие деньги у осаждавших. Ежедневно с крепостной стены храма спускалась на железных цепях корзина с золотом, взамен которого осаждавшие посылали наверх, на тех же цепях, баранов. Но однажды арабы позволили себе обидную шутку и вместо барана послали наверх "нечистое животное" – свинью, это очень раздражило аристовулистов. Война все более разгоралась.
Во время этой борьбы между братьями Хасмонеями к Иудее приближались грозные войска Римской республики под предводительством великого полководца Помпея. Римское государство, центром которого была Италия, давно уже достигло высшей степени могущества. Оно поглотило бывшие владения Греции в Европе, захватило Северную Африку и устремилось к завоеваниям в Передней Азии. Бывшие земли Ассирии, Вавилонии, Персии покорялись одна за другой всемогущему Риму. Наконец, под власть римлян перешла и Сирия, где больше двух столетий царствовала греческая династия Селевкидов. Помпей закончил покорение Сирии – и из Дамаска послал отряд войска, под начальством Скавра, в Иудею. Тут к Скавру явились посольства от обоих воюющих братьев, Гиркана и Аристовула, с просьбами о поддержке. Аристовул предлагал Скавру за военную помощь крупную сумму в четыреста талантов, а Гиркан был вынужден обещать столько же. Но римский легат охотнее принял предложение Аристовула, которому, как царю, больше доверял. Он приказал Арету немедленно удалиться со своими арабами из Иерусалима, угрожая в противном случае объявить его врагом римлян. Арет не смел ослушаться и тотчас снял осаду. Освобожденный Аристовул послал Помпею в Дамаск роскошный подарок – искусно изготовленное из золота виноградное дерево.