К марту 2005 года кризис ЦДУМ, поразивший эту организацию в 2003 году, достиг своего апогея. Верховный муфтий Талгат Таджуддин практически перестал участвовать в публичных мероприятиях, выступать с заявлениями и давать интервью. Его организация медленно умирала, и ее позиция становилась все менее востребованной властными структурами.
Большинство муфтиев ЦДУМ смирилось с этим печальным фактом, однако муфтии Мухаммадгали Хузин, Фарид Салман Хайдаров, Альбир Крганов и Тагир Саматов не оставляли надежды исправить ситуацию. С другой стороны, эмиссары Совета муфтиев России также не упускали ЦДУМ из виду и активно вмешивались в его дела. Они активно распускались слухи, что внутри ЦДУМ назревает переворот и либо Мухаммадгали Хузин, либо Альбир Крганов, либо Фарид Салман Хайдаров хотят изолировать практически отошедшего от дела Таджуддина и занять его место. В апреле 2005 года муфтий Равиль Гайнутдин лично убеждал Талгата Таджуддина в том, что он давно предан своими ближайшими соратниками, которые теперь прямо лоббируют интересы Русской Православной Церкви, ФСБ и реваншистского крыла Администрации Президента. В итоге среди лидеров ЦДУМ начался кризис доверия, который в любой момент мог вылиться в серьезный внутренний конфликт. 11 апреля 2005 года на очередном пленуме ЦДУМ был создан Исполнительный комитет этой организации во главе с муфтием Пермского края Мухаммадгали Хузиным, получивший также должность первого заместителя Талгата Таджуддина. Другими заместителями председателя ЦДУМ стали муфтий Астраханской области Назымбек Ильязов, муфтий Чувашии Альбир Крганов и муфтий Санкт-Петербурга Джафар Пончаев. Ямальский муфтий Фарид Салман Хайдаров, возглавлявший Совет улемов ЦДУМ, был дополнительно назначен представителем верховного муфтия в Москве. Предполагалось, что Исполком ЦДУМ, получив особые полномочия, поможет нормализовать работу этой организации и со временем выведет ее из кризиса. Такой вариант, конечно, не устраивал противников структуры Талгата Таджуддина, которые немедленно возобновили атаки в ее отношении. В информационное поле были вброшены версии о том, что в ЦДУМ произошла «оранжевая революция» и верховный муфтий Талгат Таджуддин смещен группой Мухаммадгали Хузина. Даже самые непримиримые враги Таджуддина вдруг стали его жалеть и открыто выражать надежду, что к осени он возьмет ситуацию в свои руки и покарает «гэкачепистов». И в какой-то момент диффамационная кампания достигла своей цели. 21 ноября 2005 года на чрезвычайном пленуме ЦДУМ в Уфе исполком этой организации был распущен, а его председатель муфтий Мухаммадгали Хузин также лишился поста первого заместителя верховного муфтия. Ближайший соратник пермского муфтия Фарид Салман Хайдаров пострадал еще сильнее – его сняли не только со всех должностей в центральном аппарате ЦДУМ, но и попросили оставить пост председателя Регионального ДУМ Ямало-Ненецкого АО.
Новым первым заместителем председателя ЦДУМ стал муфтий Чувашии Альбир Крганов, повысил свой статус также муфтий Югры Тагир Саматов. Параллельно с этими перестановками шли активные консультации Талгата Таджуддина с руководством Совета муфтиев России, которое уже торжествовало победу и не без оснований надеялось, что ЦДУМ теперь будет идти в кильватере его политики. Впрочем, у Таджуддина было свое мнение на это счет. Произошедшие события резко мобилизовали верховного муфтия и вернули ему волю к борьбе. Заручившись поддержкой очень авторитетных в исламском сообществе людей, до этого момента находившихся в тени, он смог сохранить контроль над ситуацией. Конечно, ситуацию внутри ЦДУМ осложняли опала Мухаммедгали Хузина и Фарида Салмана Хайдарова, однако они не стали уподобляться лидерам Совета муфтиев и вести диффамационные кампании против своего учителя. И это вселяло надежду на их примирение с Талгатом Таджуддином.
Вопреки надеждам Равиля Гайнутдина, глава ЦДУМ не только не поддержал его в ряде принципиальных антиправославных инициатив, но и демонстративно сблизился с Русской Православной Церковью. Заявления, сделанные верховным муфтием в период с декабря 2005 года по июль 2006-го были очень корректными и прогосударственными, в отличии, например, от требований изменить российский герб. Так, во время «карикатурного» скандала, спровоцированного публикацией оскорбительных карикатур на пророка Мухаммеда в одной из датских газета, позиция Таджуддина оказалось самой вменяемой. «В культурном обществе нужно быть культурными людьми. Если же реагировать с ненавистью и злобой, то обратной реакцией тоже будут ненависть и злоба, а верующий человек до этого не должен доходить никогда»,– заявил он в интервью «Интерфаксу», подчеркнув, что угрожать целому государства за выходки карикатуристов неправомочно. Свои выводы из сложившейся ситуации сделали и российские власти. Несмотря на приглашение Равиля Гайнутдина в Общественную палату, Президент России не спешил отдавать ему предпочтение и продолжал встречаться с лидерами всех трех исламских центров, среди которых первым слово по-прежнему предоставлялось Талгату Таджуддину. Значительно повысили авторитет верховного муфтия и его выступления против проведения в Москве гей-парада.
Талгат Таджуддин резко осудил его организаторов, напомнив им, что пророк Мухаммед приказывал убивать гомосексуалистов, поскольку «их занятия ведут к прекращению рода человеческого». После этого представители секс-меньшинств неоднократно пытались подать на него в суд, однако успеха в этом не достигли – сотрудники прокуратуры объяснили им, что по Корану гомосексуалистов действительно нужно убивать, а поскольку эта книга не является экстремистской, то и ссылки на нее противозаконными считаться не могут. К маю 2006 года Таджуддин стал главным врагом геев и лесбиянок России, которые до сих пор пытаются ему навредить. После успешного визита Таджуддина в Египет, во время которого он встретился с президентом этой страны Хосни Мубараком, стало ясно, что верховный муфтий в большей степени, чем Равиль Гайнутдин, подходит для работы с зарубежными исламскими лидерами. Во всяком случае, он мог вести переговоры на отличном арабском языке и затрагивать в принципе неизвестные московскому муфтию богословские темы. Активизация Таджуддина удачно совпала по времени с финансовым кризисом Совета муфтиев России и конфликтом внутри этой организации. Сподвижники Равиля Гайнутдина даже начали сепаратные переговоры с председателем ЦДУМ. Так, верховный муфтий Нафигулла Аширов в преддверии очередного съезда ДУМАЧР посетил Уфу, где при встрече с Талгатом Тажуддином всячески выражал ему свое почтение и признавался в дружбе. Кроме того, в июне 2006 года к традиционному паломничеству лидеров ЦДУМ в татарстанский город Булгар впервые присоединились высокопоставленные представители Совета муфтиев России – муфтии Гусман Исхаков, Нафигулла Аширов и Умар Идрисов, которые провели совместную молитву и мирно побеседовали. Тем самым они демонстративно нарушили фетву Равиля Гайнутлина трехлетней давности, которая отлучала Талгата Таджуддина от ислама и запрещала мусульманам молится вместе с ним. Таким образом, на середину 2006 года для верховного муфтия Талгата Таджуддина ситуация складывалась относительно благоприятно. Однако его управление было слишком сильно ослаблено, чтобы рассчитывать на быстрое восстановление своих позиций.
К середине первой декады нового века стало ясно, что ваххабитское подполье в стране оправилось от нанесенных ему во время контртеррористической операции ударов и перешло в контрнаступление, опираясь теперь преимущественно на собственные источники финансирования. К уже хорошо известным псевдосалафитским джамаатам и турецким сектам присоединилась террористическая организация «Хизбут-Тахрир», ранее концентрировавшая свои усилия на установлении халифата в Средней Азии. Ее эмиссары первой волны – преимущественно узбеки и таджики по национальности – с 1996 года начали создавать сеть своих ячеек в России, чем привлекли внимание спецслужб. По настоянию Генерального прокурора в начале 2003 года Верховный суд постановил признать террористическими 15 довольно известных организаций, среди которых фигурировала и «Хизб ут-Тахрир аль-Ислами» – Партия исламского освобождения. «Основной проблемой мусульман всего мира является правление всеми законами, которые ниспослал Аллах таъала. Это достигается путем установления исламского государства Халифат, и назначения халифа для всех мусульман, которые присягают ему на Коране и Сунне Расулуллаха, с целью ликвидации кафирских порядков и установления вместо них законов Ислама (шариат), с преобразованием данных исламских стран в дару-л-Ислам, и общества в этих странах в исламское общество, а также с целью распространения миссии Ислама во всем мире путем даъва (призыва) и джихада», – говорится в программе «Хизбут-Тахрира». По мнению идеологов партии, данный «халифат» должен был устанавливаться всеми доступными путями, хотя в разговорах с правозащитниками они подчеркивали сугубо пацифистский характер своей организации. Другое дело, что никто, кроме правозащитников и специально подготовленных лоббистов, в их добрые намерения не верил. Первая кампания по борьбе с хизбутовцами началась осенью 2004 года. Были произведены аресты активистов этого движения в Нижневартовске, Казани и Нижнем Новгороде. Среди задержанных самой колоритной личностью оказался узбек Алишер Усманов – преподаватель Казанского высшего медресе им. тысячелетия Ислама. При обыске у него были обнаружены довольно типичные улики: граната, взрыватель, тротиловая шашка, брошюры и листовки экстремистского содержания, включая сочинение печально известного Усамы Бен Ладена «Военные занятия в джихаде против тирании». В июне 2005 года Усманов был приговорен к 9 месяцам лишения свободы за незаконное хранение оружия – по другим статьям нужного количества доказательств собрать не удалось, зато трое коллег по татарстанской ячейке получили по 4,5 года. Впоследствии Усманов был экстрадирован в Узбекистан, где его посадили уже на восемь лет – в память о былых «заслугах». Приверженцы «Хизбут-Тахрира» обычно привлекались по статьям 222 («Незаконные приобретение, передача, сбыт, хранение, перевозка или ношение оружия, его основных частей, боеприпасов, взрывчатых веществ и взрывных устройств»), 205 («Терроризм») и 282 УК РФ («Возбуждение национальной, расовой или религиозной вражды»). География их арестов расширялась – ячейки «Хизбут-Тахрира» были обнаружены в Уфе, Баймаке, Белорецке, Набережных Челнах, Альметьевске, Чистополе, Самаре, Тюмени, Тобольске, Омске, ее листовки распространялись даже в московской Соборной мечети. При этом на Северном Кавказе активность хизбутовцев была значительно меньше – видимо, эта территория и без того неплохо осваивалась разного рода джамаатами.